Beskrivelse
Illumina DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT-plattformen gir nøyaktig, ultrarask sekundær genomisk analyse av sekvenseringsdata.
Vennligst ikke bruk DRAGEN for standard beregninger. Vi anbefaler deg sterkt å lese DRAGEN-dokumentasjonen før du kjører en jobb, for å forstå hvilke jobber og hva slags arbeidsflyt som kan tjene på å kjøre på DRAGEN.
Dragen er en dedikert ressurs. Hvis du ønsker å kjøre jobber på DRAGEN, send en e-post til tsd-drift@usit.uio.no.
Produktside for Dragen
https://www.illumina.com/products/by-type/informatics-products/dragen-bio-it-platform.html
Dokumentasjon
Mer informasjon om å kjøre DRAGEN-jobber finner du i produsentens brukerdokumentasjon og veiledningen for beste praksis (PDF).
Bruk av DRAGEN
Brukere bør bruke Dragen ved å bruke et standard jobbskript, bortsett fra:
Modifiser --account til å inkludere _dragen:
#SBATCH --account=pXX_dragen
PATH=$PATH:/opt/edico/bin/
Viktig:
- Kun én jobb kan kjøres på DRAGEN om gangen. En jobb vil få eksklusiv tilgang til alle CPUer og RAM på noden. Hvis det er en jobb som kjører, vil alle andre innsendte jobber være i ventetilstand (PD) inntil den kjørende jobben avsluttes.
- Når en jobb som ber om kjerner sendes inn (f.eks. #SBATCH -c 6) vil ventende jobber rapporteres (ReqNodeNotAvail, UnavailableNodes:dragen-2).
- $HOME (/tsd/pXX/home) monteres automatisk på DRAGEN-noden.
- Jobber kan sendes inn fra $HOME eller fra /cluster/projects/pXX. Ikke utfør beregninger (fil I/O) i $HOME. I/O tunge jobber bør bruke $SCRATCH, den lokale /staging/projects/pXX eller /cluster/projects/pXX.
- $SCRATCH vil automatisk bli slettet etter utførelsen av jobben, men den lokale /staging/projects/pXX-disken vil ikke det, og det er brukernes ansvar å rydde i denne etter at jobben har blitt utført. Ikke lagre data her permanent.
- Hvis du får feilmeldinger om at vanlige kommandoer ikke blir funnet, skyldes dette at bin (eller mindre sannsynlig, sbin) mangler i $PATH. Dette skjer fordi jobber arver miljøet sitt fra skallet som kjører sbatch. Dette kan løses ved enten å legge det til $PATH i skallet som kjører sbatch, eller ved å legge det til jobbskriptet ditt.
Noder
Det er for tiden 2 Dragen-noder i Colossus og begge kjører versjon 4.0.3. For å velge en spesifikk node, legg til følgende linje i skriptet ditt:
#SBATCH --nodelist=dragen-3
Programvare
Programvare moduler er for øyeblikket ikke tilgjengelige på DRAGEN. Programvare kan installeres på forespørsel. DRAGEN-kommandoer fungerer som normalt.
Regnskap
Regnskapet er satt opp slik at en jobb på DRAGEN står for 28 PEer (dvs. antall CPUer på maskinen). Dette betyr at du vil bli belastet som om du kjørte på en normal node med alle tilgjengelige 28 CPUer.
Ring oss
Vi har åpent mellom 08:30 og 17:00 på hverdager,
og mellom 10:00 og 15:00 på lørdager.
Telefonnummer: 22 84 00 04
Send inn sak til oss
Du kan sende inn din forespørsel via e-post til: it-support@uio.no.
Gå til e-postBook et videomøte over Zoom
Er du student eller ansatt kan du avtale veiledningstime hos UiO Helpdesk over Zoom. Tilgjengelige tider er tirsdag til torsdag mellom 11:00 og 13:00.
Book et videomøte