English version of this page

Programvare i TSD - Amnesia, Gitea, SPSS, R, Stata, Perl, Python og IGV

  
TSD-tjenesten gjør programvarepakker tilgjengelig, som forskningsgruppene kan bruke, innenfor TSD-tjenesten. TSD, som organisasjon, har ingen rolle, slik en kommersiell leverandør ville ha hatt. Vi vil imidlertid søke å hjelpe forskere så godt det lar seg gjøre i det daglige arbeidet. TSD-brukerstøtte har begrenset med tid til hver enkelt sak. Dersom det er behov, kan vi tilby betalt brukerstøtte.

Prisliste

TSDs prisliste finner du her.

Standard programvare i TSD

TSD kjøres på Windows Server 2019.

Standard programvare inkluderer: 

  • PDF-reader
  • 7-zip
  • Kleopatra
  • PuTTy

Installasjon av programmer (Windows)

Bruk av Software Center for installasjon av programmer

Prosjektledere - medlemmer av pxxx-admin-group - kan installere applikasjoner fra Software Center, en selvbetjeningsløsning tilgjengelig fra alle Windowsmaskiner. Alle kan bruke Software Center for å se hvilken programvare som er tilgjengelig, men kun prosjektledere kan installere programmene. Slik finner du Software Center:

Klikk på Start-knappen nede i venstre hjørne og begynn å skrive "Software Center":

Start-knappen og menyvalg for Windows 2019 og 2012

Velg Applications i menyen til venstre og bla deg gjennom de tilgjengelige programmene. Du kan bruke Multi select mode hvis du vil installere flere programmer: 

Applications-menyen i Software Center

Lisensiert programvare

 
Program UiO UH-sektoren Andre
f4transkript Ja BYOL BYOL
IBM SPSS Ja BYOL BYOL
MATLAB Ja BYOL BYOL
NVivo Ja BYOL BYOL
SAS Ja BYOL BYOL
STATA Ja BYOL BYOL
StatTransfer Ja BYOL BYOL

BYOL - Bring Your Own License-modellen i TSD legger til rette for forskere som har lisens på programmer de ønsker å bruke i TSD.
Det betyr at:

  • Det er forskeren som har lisensen, ikke prosjektet.
  • Forskeren må selv kontakte programvareleverandøren og å få tillatelse til å bruke lisensen i TSD.

Slik starter du SPSS i Windows

  1. Klikk på Start.
    Knappen finner du i nedre, venstre hjørne.

    Start button >
  2. Klikk på pilen.

    arrow
  3. Klikk på IBM SPSS Statistics 25

    list of available software

Linux i TSD

TSD kjører på UiO-versjonen RedHat Enterprise Linux (RHEL) distribusjonen. Følgende programvarepakker er inkludert:

  • Libre Office
  • R
  • Emacs
  • Perl interpreter
  • Python interpreter
  • xdg-open
  • display
  • VLC media player

Containere i TSD

Du kan bruke containere i Linux-versjonen av TSD.

Les mer om hvordan du bruker containere her.

Deling av data og programvare mellom prosjekter

Mappen /shared er tilgjengelig for alle medlemmer av alle prosjekter i TSD. Alle data og programmer som kan være interessante for alle er tilgjengelige her. 

I /shared-mappen finner du:

  • /shared/data/durable/bioinformatics/

    • ref/ inneholder offentlige referansedata 

    • src/ inneholder kildekode for bioinformatikk-programvare  

    • lib/ inneholder bioinformatikk programvarebibliotek 

  • /shared/data/durable/comp_psyc

    • ymse fra fagområdet computational psychology

Anonymisering av data

I samarbeid med EOSC-hub og OpenAIRE-prosjektene støtter TSD anonymisering av data gjennom Amnesia.
 
Amnesia er et fleksibelt verktøy for anonymisering som forvandler relasjonelle og transaksjonelle databaser for statistisk analyse og fjerner all identifiserende informasjon fra sensitive data. Amnesia fjerner alle direkte identifiserende data som navn, SSN-er og liknende, og endrer sekundære identifikatorer som fødselsrater og postnumre slik at enkeltindivider ikke kan identifiseres i datasettet. Amnesia støtter k-anonymity og km-anonymity.

I TSD tilbys  Amnesia på Windows-verten. For å få Amnesia i ditt TSD-prosjekt, kontakt tsd-drift@usit.uio.no

Gitea - tilgjengelig programvare i TSD

Inne i TSD finner du Gitea - en liste med programvare som er utviklet og vedlikeholdt av TSD-prosjekter. Denne programvaren kan være nyttig for ditt prosjekt. TSD-staben er ikke tilgjengelig for support og vedlikehold av Gitea-programmer. Du må ta kontakt med utvikleren direkte.

Annen tilgjengelig programvare

Trykk på lenkene for å lese engelsk brukerveiledning for programmet:

Henvendelser om ekstra programvare

Vår infrastruktur er prioritet nummer en. Enhver henvendelse om ytterligere programvare må gjennom en sikkerhetsvurdering.

Installasjon av ekstra programvare tar fra en dag til fire uker, avhengig av kompleksiteten i programvarepakken og hvilke endringer som må gjøres for å støtte den. Du kan måtte betale for tiden som går med til dette. 

  1. Ekstra programvare på Windows i TSD:
    Send en e-post til tsd-drift@usit.uio.no

  2. Ekstra programvare på Linux OS i TSD, inkludert Dockers containers:
    Send en e-post til tsd-drift@usit.uio.no

  3. Ekstra programvare i Colossus:
    Alle forespørsler må skje gjennom dette skjemaet.

  4. Ekstra programvare i /share-mappen:
    Send en e-post til tsd-drift@usit.uio.no

Publisert 25. feb. 2021 15:29 - Sist endret 29. des. 2023 13:15